Die Therapie sollte stets mit der geringsten Konzentration (1/16 %) begonnen werden. Wird so keine ausreichende Drucksenkung herbeigeführt, sollte auf die nächst höhere Konzentration umgestiegen werden.
Auch bei lokaler Anwendung von Clonidin kann es zu systemischen Nebenwirkungen, insbesondere zur Hypotonie, kommen. Nach der Anwendung empfiehlt sich ein Zudrücken des entsprechenden Tränenkanals mit dem Finger bei gleichzeitigem Augenlidschluss (nasolakrimale Okklusion) für etwa 1 Minute, um möglich systemische Nebenwirkungen von Clonidin zu minimieren. Bei Absetzen von Clonidin kann es zu Rebound-Phänomenen, insbesondere zu Blutdruckkrisen, kommen.
Bei der Anwendung mehrerer verschiedener Augenarzneimittel soll zwischen den Applikationen ein zeitlicher Abstand von mindestens 5 Minuten eingehalten werden.
Das Konservierungsmittel Benzalkoniumchlorid ist augenreizend und kann weiche Kontaktlinsen verfärben. Das Tragen weicher Kontaktlinsen ist daher unter Therapie zu vermeiden. Harte Kontaktlinsen sind vor der Anwendung von Clonidin zu entfernen und erst 15 Minuten später wieder einzusetzen.
Sicherheit und Wirksamkeit von Clonidin-Augentropfen sind bei Kindern nicht erwiesen.